Опубликована статья с результатами апробации секвенатора 3-го поколения G-seq500
В НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ летом 2026 года успешно прошла апробация секвенатора третьего поколения — G‑seq500.
Секвенирование длинными прочтениями на G‑seq500 использовали в качестве метода дополнительного подтверждения двух новых вариантов в гене CHD2, прежде обнаруженных полноэкзомным секвенированием (HiSeq 1500, Illumina) и секвенированием по Сэнгеру. Результаты секвенирования на G‑seq500 совпали с результатами предыдущих исследований. При этом секвенирование длинными прочтениями позволило напрямую определить фазу вариантов (cis/trans), что критически важно для понимания механизма возникновения заболевания.
В ходе испытаний были подтверждены уникальные характеристики прибора:
• Высокая точность: Q30+;
• Длинные прочтения: секвенирование фрагментов ДНК от 20 bp до 15 kb;
• Скорость Производительность: подготовка библиотеки - 90 минут, секвенирование - от 10 минут до 6 часов;
• Высокое качество данных при повторном использовании проточной ячейки.
Подробные результаты исследования опубликованы в авторитетном научном журнале «International Journal of Molecular Sciences».
«Количество прочтений, покрывающих целевые локусы, варьировало от 4888 до 5785 (для участка c.1634) и от 4037 до 6372 (для участка c.3810) у трех членов семьи. В позициях выявленных вариантов глубина покрытия составляла 2118–2731× (c.1634T>G, chr15:92953488) и 3018–4644× (c.3810G>C, chr15:92997328). Показатели качества прочтений были стабильными для всех образцов: среднее значение качества по шкале Phred варьировало от 15,72 до 16,37, доля прочтений с качеством Q20 — от 79,8% до 82,3%, а доля прочтений с качеством Q30 — от 57,1% до 63,3%. Показатель N50 для длины прочтений составлял 8049–8050 п.н. (для c.1634T>G) и 6736–6737 п.н. (для c.3810G>C). Все обнаруженные варианты имели статус «PASS» в результатах, полученных с помощью программы Clair3 v2.0.2. Аллельные соотношения для обоих вариантов составляли приблизительно 46–47%. Полученные результаты были дополнительно проверены на исходных (необработанных) BAM-файлах, чтобы исключить вероятность появления артефактов вследствие фильтрации. Для однозначного определения родительского происхождения гаплотипов использовали информативные SNP-маркеры, по которым один из родителей был гомозиготен по альтернативному аллелю (генотип 1/1), что позволило точно установить принадлежность хромосомы. В обоих исследованных участках такими маркерами оказались варианты, для которых у матери был выявлен гомозиготный генотип 1/1 (таблица 1).»
Ссылка на полный текст статьи:
Website: https://www.mdpi.com/1422-0067/27/20/9120
PDF Version: https://www.mdpi.com/1422-0067/27/20/9120/pdf
